太古の昔から、マメ科の植物は世界中で農作物として利用されてきました。日本においても縄文時代〜弥生時代の頃からダイズやアズキが栽培されていたことが知られています。 マメ科植物が古くからよく利用されていた理由のひとつに，共生する「根粒菌（こんりゅうきん）」から栄養を得られること。痩せた土地でも旺盛に生育できるという点が挙げられます。

畑の大豆を抜いて根っこを見てみると、根っこに数ミリメートルの瘤（こぶ）のようなものがいっぱいくっついています。これは根粒と呼ばれる器官で、この中に根粒菌（バクテリアの一種）という土壌微生物が住んでいます。根粒菌は大気中の窒素をアンモニアに変換し（窒素固定といいます）、植物の生育に欠かせない窒素を大豆に供給する働きをしています。この根粒菌は、マメ科植物だけが共生しています。「どうしてマメ科植物だけが根粒菌と共生するのか？」、「根粒はどのようにできるのか？」、「こぶは作らなくても植物に役に立つ微生物はいないのか？」など明確には解明されていません。その関係の謎解きは、遺伝子やゲノムといった最新の生命科学で研究が行われています。

自然農を進めていくうえで、ポイントは土を良くすること。農業はやはり第一に「土」が重要です。土を良くするには、まず、マメ科の植物を植えること。そのあとでマメ科の植物を一掃したら、好きな野菜を植えてください。いい土なら、きっとすくすくと成長します。